Pondok pesantren modern merapkan sistem pendidikan boarding atau full day system. Artinya siswa yang nyantri di lembaga tersebut selalu dibimbing oleh wali asuh / para ustadz yang tinggal bersamanya. Dengan begitu maka kekhawatiran dari terjadinya pergaulan bebas, terjerumus pada narkoba, dan bahkan ancaman lain dari pergaulan luar dapat dihindari.
Metode dan pendekatan pendidikan yang diterapkan di pesantren modern sekarang ini telah menggunakan pendidikan formal, baik itu SD, SMP, MTs, SMA, MA Plus pesantren. Di malam harinya diisi dengan kegiatan bimbingan pembentukan mental melalui cara belajar kelompok dibimbing para Ustadz.
Khas yang selalu ada di setiap pesantren baik yang tradisional maupun modern, selalu ada figur sentral yang menjadi tokoh teladan di lingkungan lembaga pendidikan tersebut. Seorang Kiaya atau Ulama yang rumahnya di pesantren tersebut selaku pimpinan pesantren selalu memberikan motivasi dengan caranya sendiri.
Karena metode pola pengajaran yang berbeda pesantren modern sering juga disebut sebagai sekolah terpadu yang menggabungkan antara Ilmu keagamaan dan Ilmu keduniaan. Perbedaan dengan sekolah pada umumnya terletak pada jumlah mata pelajaran sebagai tambahan dan pelajaran itu tetap menjadi pelajaran pokok, seperti bahasa arab, kitab, hadits, tafsir, akhlak, siroh, ilmu alat, dan masih banyak lagi.
Guna mencapai tujuan pendidikan pesantren maka berbagai metode kependidikan dilakukan oleh para pendidik maupun ustadz di pesantren tersebut. Oleh karenanya kini tak diragukan lagi menyekolahkan anak-anak kita ke lembaga pesantren semacam ini.
Sumber: Pondok Pesantren Modern