TNI/ABRI berhasil menumpas semua pemberontakan tersebut hingga ke akar-akar-akarnya. Sejumlah pemberontakan tersebut adalah
- Peristiwa Madiun pada 18 September 1948 oleh PKI di pimpinan Moeso. Moeso memproklamasikan "Sovyet Republik Indonesia."
- Pemberontakan APRA Januari 1950 di Bandung.
APRA atau Angkatan Perang Ratu Adil, dipimpin oleh Westerling memberontak terhadap Republik Indonesia Serikat. - Pemberontakan Andi Aziz di Makassar, April 1950
Andi Aziz mantan KNIL yang memberontak pada RIS. Ia menyerah tanggal 26 April 1950. - Pemberontakan RMS di Maluku, November 1950. RMS atau Republik Maluku Selatan dipimpin Soumokul memberontak terhadap RIS. Ditumpas oleh TNI yang dipimpin oleh Slamet Riyadi; ia gugur dalam perang.
- Pemberontakan Ibnu Hajar, 1949, di Kalimantan Selatan. Ibnu Hajar ditangkap Desember 1949.
- Pemberontakan AMI tahun 1951 di Kebumen, Jawa Tengah. AMI atau Angkatan Muda Islam dipimpin Kiai Somalangu.
- Pemberontakan Batalyon 426 tahun 1951-1952 di Jawa Tengah.
- Pemberontakan MMC tahun 1951-1952. MMC atau Merapi Merbabu Complek dilakukan mayoritas anak muda di sekitar lereng gununung Merapi dan Merbabu.
- Pemberontakan PRRI di Sulawesi 1958-1961. PRRI atau Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia.
- Pemberontakan Permesta 1958 -1961. Permesta atau Perjuangan Rakyat Semesta.
- Pemberontakan DI/TII dipimpin oleh Kartosuwiryo, Desember 1948 di Jawa Barat. Ditumpas pasukan TNI Divisi Siliwangi.
- Pemberontakan DI/TII 1949-1962. DI/TII atau Darul Islam/ Tentara Islam Indonesia dipimpin Kartosuwiryo. Kartosuwiryo ingin membentuk Negara Islam Indonesia.
- Pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan 1957, dipimpin oleh Kahar Muzakar.
- Pemberontakan DI/TII di Brebes Jawa Tengah dipimpin Amir Fatah.
- Pemberontakan DI/TII di Aceh dipimpin oleh Daud Beureuh, 1949-1962.
- Pemberontakan PKI 1965. PKI [dan ormas-ormas Revolusi Rakyat (PR), Gerakan Wanita Indonesia (Gerwani), Barisan Tani Indonesia (BTI), Consentrasi Gerakan Mahasiswa Indonesia (CGMI), Perhimpunan Mahasiswa Indonesia (Perhim), Ikatan Pemuda Pelajar Indonesia (IPPI), Himpunan Sarjana Indonesia (HSI)], dipercayai sebagai dalang utama Gerakan 30 September 1965.