- Dugaan korupsi
- Server yang digunakan e-KTP milik negara lain sehingga database di dalamnya rentan diakses pihak tidak bertanggungjawab
- Vendor fisik e-KTP tidak menganut open system sehingga Kemendagri tidak bisa mengutak-utik sistem tersebut
- Banyak terjadi kebocoran database. Misalnya, di kolom nama tertulis nama perempuan, tapi foto yang bersangkutan menunjukan laki-laki.