Salah satu keunggulan SMP Islam Al-Azhar 66 Bantul adalah program tahfidz Al-Quran yang intensif. Melalui program ini, siswa dilatih untuk menghafal Al-Quran dengan metode yang efektif dan menyenangkan. Selain itu, sekolah juga menawarkan berbagai kegiatan ekstrakurikuler yang menarik, seperti klub sains, robotik, seni, dan olahraga. Hal ini bertujuan untuk menggali potensi dan minat siswa secara maksimal.
Fasilitas sekolah yang lengkap mendukung proses pembelajaran yang optimal. Ruang kelas yang nyaman, laboratorium yang modern, perpustakaan yang kaya akan buku, serta sarana olahraga yang memadai menjadi tempat yang kondusif bagi siswa untuk belajar dan berkembang.
SMP Islam Al-Azhar 66 Bantul tidak hanya fokus pada prestasi akademik, tetapi juga pada pembentukan karakter siswa. Sekolah ini menanamkan nilai-nilai keimanan, ketakwaan, kejujuran, kedisiplinan, dan tanggung jawab kepada siswa sejak dini. Hal ini diharapkan dapat menghasilkan lulusan yang tidak hanya cerdas, tetapi juga memiliki akhlak yang mulia.