Pada masa akhir kekuasaan kerajaan Funj yang sudah mengokohkan diri sebagai sebuah negara islam,datanglah invasi Mesir ke Sudan.Mesir ketika diperintahi oleh Muhammad Ali(1805-1849) yang mengkhianati Turki Usmany dengan berkoalisi dengan Inggris menguasai Sudan ,namun gagal mengubah kehidupan keagamaan masyarakat Sudan yang kokoh tersebut karena kemungkinan saja Mesir juga muslim.Kedamaian yang sudah berlangsung lama di Sudan mulai terusik bersamaan datangnya imperialisme Barat pada perempat akhir abad ke 19 yang bersaing untuk menguasai Sudan,terutama Inggris dan Perancis.Sejak saat itulah kehidupan antar umat beragama di Sudan mulai terganggu,karena umat nasrani di Sudan selatan sebenarnya tetap dihormati oleh pemerintah kerajaan islam Funj sebelumnya dan tidak ada lagi konflik dengan umat islam di Sudan utara.Bahkan banyak warga Sudan selatan yang sudah muslim hidup berdampingan dengan umat nasrani lainnya yang masih mempertahankan keperayaan animisme juga.Akan tetapi paus Gregorius XVI menyuruh mendirikan pusat pusat misssionaris di Sudan ,sehingga mengubah komposisi kehidupan beragama di Sudan.Sejak saat itu pula secara intensif dan besar besaran proses kristenisasi terus dilancarkan bersamaan dengan pesat sekolah sekolah seminari bermunculan ,sehingga konflik pun mulai terjadi dengan warga muslim yang sebelumnya sudah mendiami wilayah itu.Dan masalah itulah selanjutnya yang menjadi faktor terjadinya konflik politik yang berkepanjangan dengan pemerintah pusat di Khartum,yang kini mengantar Sudan selatan ke referendum dengan pilihan tetap bergabung dengan Khartum atau sebaliknya berpisah menjadi negara merdeka  seperti halnya Eritrea yang  berpisah dengan Ethiophia.
Selanjutnya cita-cita Muhammad Ahmad bin Abdullah yang juga menyebut dirinya sebagai "Al Mahdi"itu    dilanjutkan oleh khalifah Abdullah digagalkan oleh imperialisme Inggris-Mesir yang masuk ke Sudan tahun 1899  untuk menyambung wilayah jajahannya dari utara benua Afrika hingga ke selatan(Cairo-Capetown)yang   dihdang Perancis yang hendak memperluas jajahannya dari pantai timur Afrika sampai ke barat sehingga terjadilah perang Fashoda itu.Sejak tahun itu pula Mesir dan Inggris menguasai Sudan dengan menambah sulitnya proses pengentasan berbagai masalah sosial antara Sudan selatan dan Sudan utara ,dan sampai Sudan memperoleh kemerdekaaannya tahun 1956 berbagai masalah tersebut terus bergulir yang memicu perang saudara selama 20 tahun lebih yang menghancurkan berbagai aspek sosial masyarakat Sudan.Diawal kemerdekaaan sebagaimana negara lainnya juga Sudan mengalami berbagai konflik,terutama antara Sudan selatan yang mayoritasnya nasrani dengan mayoritas muslim di Sudan utara.Karena konflikyang berkepanjangan terebut proses pembangunan berbagai aspek sosial masyarakatnya mandeg ,terutama di bagian selatan Sudan sebagai pusat konflik.Dibidang politik di Sudan sering terjadi perebutan kekuasaan ,karena para elite politik dan militer kurang kompak sering saling mengganjal pihak lainnya.Dalam kontek s untuk mengusir penjajah Mesir dan Inggris ini muncullah berbagai partai politik ,dan sekte Khatmiyyah pada  tahun 1944 mendirikan Asyiqqa Party(AP) ,sekte   Mahdiniyah membentuk Umma Party(UP)pada tahun 1945 ,serta beberapa elite politik lainnya yang  bergabung dengan Mesir untuk mengusir Inggris pada tahun 1952 membentuk National Unionist Party(NUP).Dan pada tahun 1955 Sudan berpemierintahan sendiri dibawah pinpinan Ismail Azhari pemimpin NUP yang berhsil mengeluarkan Sudan dari penjajahan Inggris dan Mesir tahun  1956.Kemudian pada bulan Juli tahun 1956 berhasil membentuk pemerintahan baru berdasarkan koalisi antara UP dan People's Democratic Party(PDP)yang mengangkat Abdulllah Khalil sebagai Perdana Menteri Sudan.Pada periode selanjutnya tahun 1956-1958 pemerintahan parlementer menghadapi krisise ekonomi yang merambah kekrisis politik ,yang dijadikan alasan oleh Jenderal Ibrahim Abbud untuk merebut kekuasaan dan membentuk pemerintahan junta militer (1958-1964)dan mewarisi krisis ekonomi tersebut.Krisis politik yang terjadi dipemerintahan pusat di Khartum menyebabkan masalah konflik karena perbedaan agama,ekonomi,etnis terabaikan yang  memberi peluang kepada warga Sudan selatan untuk berjalan sendiri apalagi mendapat dukungan Barat sehingga semakin menguat gerakan separatisme pimpian John Garang itu. Kemungkinan saja untuk mengalihkan perhatian warga muslim di Sudan utara dari krisis ekonomi dan politik kesenjangan sosial Jenderal Ibrahim Abbdud melancarkan proses"Arabisasi"dan "islamisasi"di Sudan selatan yang semakin memicu konflik tersebut serta semakin menjadi sorotan masyarakat internasional.Sesudah ia gagal Sudan berubah lagi kepemerintahan berparlementer dengan presidennya Ismael Azhari,yang berhasil memimpin pemerintahan koalisi antara UP dan NUP ,namun masalah konflik di Sudan selatan terus menjadi masalah utama yang menghantui Republik Sudan.Pemberontakan telah menghancurkan berbagai  aspek sosial ,konflik sudah menelan ratusan ribu jiwa ,serta perkembangan ekonomi dibagian selatan mandeg samasekali karena konflik terus terjadi,sehingga kesenjangan sosial antara Sudan utara dengan Sudan selatan semakin besar yang makin sulit disatukan kembali.Konflik yang berkepanjangan tersebut mengakibatkan hambatan besar bagi kabinet Azhari,dan proses pembentukan konstitusipun gagal total yang menyebabkan junta militer baru dibawah pinpinan Gafar Numery merebut kekuasaan di Khartum.Pemerintahan militer(1969-1985)dipimpin Jenderal Gafar Numery sebagai presiden Sudan coba menerepkan kitab hukum pidana  islam pada bulan September  tahun 1983 yang disusul dengan hukum muamalat bulan Maret tahun 1984,serta hukum perpajakan pada bulan September pada tahun yang sama.Dan periode baru terbentuk  sebuah pemerintahan koalisi Umma-Demokratik Unionist hasil pemilihan bulan April tahun 1986,serta Sadiq al Mahdi ,pemimpin Umma Party menjadi Perdana Menteri Sudan sebagai pemerintahan demokratis pertama  yang pernah ada di Sudan.Pemerintahannyapun terus menjalankan syariat islam yang sudah dicanangkan sebelumnya Gafar Numeri ,sehingga pemerintah Sudan kurang disenangi Barat ,apalagi kecaman kecaman Hasan alturabi terhadap politik Barat .Bahkan Sudan dituduh melindungi Usamah bin Laden,sehingga Bill Clinton pernah menyerang Khartum dengan rudal-rudalnya yang menelan korban sipil di ibukota Sudan tersebut.Dan kini Preesiden Sudan Umar al Bashir yang merebut kekuasaan tahun 1986 pun dituding  sebagai penjahat perang yang sudah di vonis secarain absensia di Geneve karena dituduh melanggar hak asasi manusia di Sudan selatan.Karenanya terhadap referendum di Sudan selatan yang berlangsung minggu 9 Januari 2011 merupakan hasil perjanjian di Khartum tahun 2005 lalu antara kepala pemberontak Sudan selatan ,John Garang dan Presiden Umar al Bashir.Meskipun sudah ditandatangi perjanjinan itu,namun konflik terus terjadi di Carfur yang oleh Barat segala pembantai,pemerkosaan dilakukan oleh milisi pro Khartum yang disebut Jenjawit yang selalu dibantah oleh pemerintah pusat di Khartum.Dan apapun yang terjadi,jika rakyat Sudan selatan yang sekitar 4 juta yang mayoritas kristen dalam referendum tersebut memperoleh 60 persen suara memilih merdeka dari Khartum mudaha-mudahan segala persoalan itu akan selesai tuntas.Karena apa yang terjadi di Sudan selatan baru diketahui sekitar minggu depan hasilnya.Mata masyarakat internasional kini terfokus kesana,dan bisa diprediksikan jika Sudan selatan yang tidak mempunyai akses kelaut itu menjadi sebuah negara mereka dan berdaulat,maka menjadi preseden buruk bagi negara negara Afrika lainnya yang juga memiliki masalah seperti halnya Sudan.Sebut saja Nigeria,Sahara Barat,Chad dan Pantai Gading  .Mudahan saja maslah tersebut juga menjadi pembelajaran bagi kita,bahwa sangat penting kebadilan dan kebersamaan serta kemerataan pembangunan antara pusat dan daerah,toleransi antar umat beragama salah satu faktor yang bisa mencegah separatisme titu.
