Awalnya, nama Hubner muncul sebagai kandidat pemain Timnas Indonesia yang akan dinaturalisasi saat Timnas sedang bersiap untuk Piala Dunia U-20. Saat itu, Timnas Indonesia menjadi tuan rumah dan serius mempersiapkan diri dengan mempertimbangkan potensi pemain yang dapat diakuisisi.
Justin Hubner bahkan telah bergabung dengan pemusatan latihan Timnas Indonesia U-20 di Eropa, bersama dengan Rafael Struick dan Ivar Jenner, untuk menghadapi uji coba.
Namun, pada bulan Maret 2023, Hubner mendapatkan panggilan untuk bergabung dengan timnas Belanda U-20. Akibatnya, Indonesia kemudian mengalami pembatalan menjadi tuan rumah Piala Dunia U-20 2023.
Dalam situasi ini, proses naturalisasi Justin Hubner menjadi tidak pasti. Sementara itu, Rafael Struick dan Ivar Jenner melanjutkan proses naturalisasi mereka, dan keduanya resmi menjadi Warga Negara Indonesia meskipun gagal tampil di Piala Dunia U-20.
Ivar Jenner dan Rafael Struick akhirnya membuat debut bersama Timnas Indonesia dalam pertandingan melawan Argentina. Setelah itu, keduanya aktif menjadi bagian dari Timnas Indonesia dalam pertandingan resmi.
Ketika Jenner dan Struick sudah menjadi pemain kunci Timnas Indonesia, nama Hubner sebagai calon naturalisasi tampaknya terlupakan. Namun, pada penghujung tahun 2023, nama Justin Hubner kembali mencuat.
Proses naturalisasi Justin Hubner kembali dilanjutkan, dan pada Rabu (6/12), ia resmi mengucapkan sumpah menjadi Warga Negara Indonesia. Dengan status WNI, Hubner dapat memperkuat Timnas Indonesia dalam berbagai pertandingan, termasuk di Piala Asia yang akan berlangsung pada bulan Januari mendatang.
