Kontroversi yang ditimbulkan oleh pesantren ini cukup banyak membuat para netizen dan masyarakat geram, pasalnya salah satu masalah yang disebabkan pondok ini dimana ada seorang wanita yang saat pelaksanaan sholat ied ikut di barisan para pria dan posisi sholat ied seperti sedang baris-berbaris. Bahkan ada yang hanya terlihat duduk saja di kursi, Â tetapi tidak ikut melakukan sholat tersebut.