Salah satu daya tarik utama Taman Nasional Ujung Kulon adalah sebagai habitat terakhir bagi badak Jawa (Rhinoceros sondaicus), yang merupakan spesies yang sangat langka dan terancam punah. Diperkirakan hanya ada sekitar 60 hingga 70 individu badak Jawa yang tersisa di alam liar, dan sebagian besar dari mereka berada di taman ini. Upaya konservasi yang ketat dilakukan untuk melindungi badak Jawa dari perburuan ilegal dan kerusakan habitat.