Bakufu sendiri adalah pemerintahan militer yang mengambilalih kekuasaan dari lembaga Kekaisaran, dipimpin oleh seorang jenderal besar (generalissimo) bertitel Shogun.
Ada 3 Bakufu dalam sejarah feodal Jepang: Kamakura / Minamoto (alias Genji, 1185--1334), Muromachi / Ashikaga (1338-1573) dan Edo / Tokugawa (1600-1868).
Sebelum, di sela-sela dan sesudah pemerintahan Bakufu ini terdapat beberapa rezim non-Keshogunan. Sebelum Bakufu Kamakura ada rezim Taira / Heike (Kiyomori, 1160-1185), antara Bakufu Muromachi dengan Bakufu Edo ada rezim Azuchi-Momoyama (Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi & Toyotomi Hideyori, 1568-1600), dan sesudah Bakufu Edo bangkit kembali para pendukung Kekaisaran yang membentuk pemerintahan oligarki Meiji (1868-1912).