Film ini mengambil latar belakang Jepang pada akhir Perang Dunia II. Ceritanya mengikuti perjalanan dua anak yatim piatu, Seita dan adik perempuannya Setsuko, yang berusaha bertahan hidup di tengah kekacauan perang. Setelah rumah mereka dihancurkan oleh serangan udara, kedua saudara tersebut terpaksa hidup terpisah dari keluarga mereka.