SPIP berawal dengan adanya Instruksi Presiden No. 15 Tahun 1983 tentang Pedoman Pelaksanaan Pengawasan dan Instruksi Presiden No. 1 Tahun 1989 tentang Pedoman Pelaksanaan Pengawasan Melekat, Keputusan Menteri PAN No. 30 Tahun 1994 tentang petunjuk Pelaksanaan Pengawasan Melekat yang diperbaharui dengan Keputusan Menteri PAN No. KEP/46/M.PAN/2004. Unsur-unsur Waskat adalah Pengorganisasian, Personil, Kebijakan, Perencanaan, Prosedur, Pencatatan, Pelaporan, Reviu Intern.
Perangkat aturan terkait SPIP selanjutnya adalah Peraturan Pemerintah No. 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) yang disahkan 28 Agustus 2008. Â Peraturan Pemerintah ini merupakan penjabaran lebih lanjut dari Pasal 55 ayat (4) dan Pasal (58) ayat (1) dan (2) UU No. 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara.