Namun, pelantikan ini memicu kontroversial karena Pramono masih berkerabat dengan Presiden SBY. Dia adalah adik ipar Yudhoyono, yang berarti adik kandung ibu negara, Kristiani Yudhoyono. Selain masalah hubungan keluarga, ada beberapa tantangan yang bisa saja dihadapi Letjen Pramono Edhie Wibowo sebagai orang nomor satu di tubuh TNI AD. Beberapa tantangan itu adalah: