Faktor - faktor yang menyebabkan terjadinya ancaman kepunahan bagi keanekaragaman hayati lokal nusantara di antaranya penebangan liar, alih fungsi lahan (Setiawan, 2022) dan sistem budidaya monokultur. Penebangan liar yang disebut juga deforestasi ilegal merupakan tindakan penebangan hutan yang dilakukan tanpa izin atau melanggar aturan yang mengatur kegiatan hutan. Pembukaan lahan hutan secara tidak sah mengakibatkan berbagai jenis tumbuhan kehilangan tempat tinggal alami. Sejumlah besar tumbuhan mungkin tidak dapat bertahan atau mengalami pertumbuhan yang optimal di luar lingkungan hutan asli mereka sehingga menyebabkan berkurangnya keanekaragaman tumbuhan. Alih fungsi lahan juga menjadi salah satu faktor utama penyebab kepunahan tumbuhan di Indonesia. Hal ini terjadi karena lahan hutan yang merupakan habitat alami tumbuhan, dialih fungsikan menjadi lahan pertanian, perkebunan, pemukiman, atau pembangunan infrastruktur. Alih fungsi lahan menjadikan tanaman kehilangan habitatnya yang menyebabkan kesulitan untuk bertahan hidup dan berkembang biak. Faktor lainnya, yaitu sistem budidaya monokultur, dimana sistem ini dapat menyebabkan tumbuhan yang menjadi tumbuhan khas nusantara terabaikan. Sistem budidaya monokultur merupakan sistem budidaya pertanian di mana hanya satu jenis tanaman yang dibudidayakan pada suatu lahan pertanian yang luas. Sistem ini 2 memiliki keuntungan tertentu, tetapi juga dapat menimbulkan beberapa risiko dan masalah seperti terjadinya kepunahan tumbuhan khas nusantara.
Berdasarkan uraian di atas, dampak yang terjadi jika tidak adanya penanganan khusus maka tumbuhan perlahan akan menjadi langka serta ketersediaannya bisa hilang. Dan apabila tumbuhan tersebut dibutuhkan di masa depan, maka akan sulit dan bahkan mustahil menemukannya. Untuk mengantisipasi hal tersebut, maka dibutuhkan suatu solusi konservasi yang berkelanjutan demi mengurangi laju kehilangan keanekaragaman hayati tumbuhan nusantara. Salah satunya adalah dengan membentuk Bank Biodiversitas Nusantara. Solusi yang dapat diberikan adalah dengan dibentuknya konsep biodiversitas nusantara berupa Bank Biodiversitas Nusantara. Bank Biodiversitas Nusantara terdiri atas 3 komponen, diantaranya Gedung/bangunan, kebun dan m-Banking.