Hadirnya transportasi ini memang bertujuan untuk mengatasi masalah kemacetan di Jakarta. Namun dalam prakteknya, transportasi publik ini tidak lepas dari masalah-masalah baru yang menjadi imbas dari pembangunan busway ini. Busway memiliki jalur sendiri yang memungkinkan perjalanan tanpa hambatan. Di sisi lain, jalur transportasi umum menjadi lebih sempit, sehingga masalah barunya pun dengan mudah ditebak. Banyak kendaraan-kendaraan yang menggunakan jalur busway yang notabene akan membebaskannya dari kemacetan.
Pemerintahpun tak tutup mata dengan beraksi membuat gate pada jalur busway yang hanya dibuka jika ada bus lewat. Masing-masing gate dijaga oleh petugas dan lalu lintas diatur oleh polisi lalu lintas. Namun lucunya, hal ini tidak menghalangi para pengguna kendaraan bermotor untuk tetap menggunakan jalur busway. Ketika gate masih ditutup, para pengguna sepeda motor menunggu di depan gate sampai ada busway yang lewat. Saat bus melewati gate, pengguna sepeda motor pun turut mengiringi bus di belakang. Yang mengherankan adalah, lalu dimana fungsi para penjaga gate? Bukankah mereka ditugaskan untuk menjaga gate supaya digunakan sebagaimana mestinya? Kenyataan di lapangan para petugas tetap membiarkan para pengguna sepeda motor melintasi jalur busway.
Masalah lalu lintas semacam ini bukan hanya semata-mata karena urusan melanggar peraturan. Namun lebih jauh dari itu, melanggar peraturan dapat memberikan dampak yang buruk bagi sesama pengguna jalan. Belum lama pada Januari 2012 dilaporkan dalam website republika, terjadi kecelakaan 11 motor di jalur busway di wilayah Pejaten, Jakarta. Hal itu merupakan salah satu contoh dampak secara langsung yang mungkin terjadi ketika pengguna jalan tidak mematuhi peraturan lalu lintas. Pemerintah mungkin sesekali perlu bepergian menggunakan busway supaya melihat sendiri kenyataan dilapangan dan segera membuat aksi strategis berikutnya untuk mengatasi masalah pelanggaran tersebut.