Proses pembelajaran di TPQ An-Nur dimulai pada pukul 14.00 WIB. Sebelum memasuki materi utama, para santri diajak untuk berdo'a bersama, dilanjutkan dengan pembacaan Asma'ul Husna sebagai pengingat akan kebesaran Allah SWT. Anak-anak kemudian diberi kesempatan untuk menulis sebagai latihan, sebelum mengaji langsung dengan para guru yang sudah berpengalaman.
Namun, sejak kedatangan tim KKN 161 IAIN Kudus yang terdiri dari Mila, Titin, Ifa, Wawa, dan Sabrina, metode pengajaran menjadi lebih interaktif dan terstruktur. Tim KKN-MB 161 IAIN Kudus turut andil dalam membagi tugas mengajar sesuai dengan kemampuan dan tingkat capaian setiap santri. Mereka memastikan setiap anak mendapat perhatian dan pendampingan sesuai kebutuhan.
Selain mengaji, para mahasiswa KKN-MB 161 IAIN Kudus juga memperkenalkan ice breaking di akhir sesi pembelajaran. Tujuannya sederhana namun berdampak besar, yaitu untuk mencairkan suasana, meningkatkan semangat belajar, serta mempererat ikatan antara santri dengan pengajar. Aktivitas ini disambut antusias oleh para santri yang senang dengan variasi pembelajaran yang tidak hanya serius, tetapi juga menyenangkan.