Jenis sampah itu sendiri terbagi atas dua kelompok, sampah organik dan sampah anorganik. Sistem pengelolaan sampah di Lapas Nunukan saat ini merupakan kerjasama dengan Dinas Lingkungan Hidup Kab. Nunukan yakni dengan membuat Bank Sampah Lanuka.
Dalam rangka edukasi pemahaman dan sarana informasi bagi masyarakat, RRI Kab. Nunukan mengadakan dialog Interaktif Luar Studio yang dilaksanakan di SAE Lanuka dengan judul "Strategi Penanganan Sampah di Lapas Nunukan", Jum'at (07/06).