Para ulama berselisih tentang dimana letak makam Imam Ali Karramallaha Wajhahu, ada yang mengatakan di kufah, di Qiblah di tengah-tengah masjid di Kufah, dan sebagian yang lain menulis di pintu pagar yang dikenali sebagai Rab al-Kinda di masjid Kufah. ada yang lain mengatakan makam imam Ali terletak di sebelah kuburan Sayyidah Fatimah di Baqi.
Amirul Mukminin Alitelah berwasiat supaya jasadnya dikebumikan di tempat yang tersembunyi di waktu malam dengan tidak meninggalkan sembarang kesan. Sehingga hanya beberapa orang saja dari kalangan sahabat, keluarga dan juga anak-anaknya yang hadir sewaktu beliau dikebumikan. Pada pagi 21 Ramadhan, dua keranda telah disediakan. Satu menuju ke Mekah dan satu lagi menuju Madinah. Itulah sebabnya, selama beberapa tahun makamnya tidak diketahui orang,
Adapun tentang hal ini telah disebutkan dari Imam Ja'far al-Sadiq (Keturunan ke-6 Imam Ali) pada saat wafatnya Amirul Mukminin Ali , beliau Imam Ali berkata kepada anaknya Imam Husain yaitu setelah mengkebumikannya di Najaf, dia (Husain Rahimakumullah) perlu menyediakan empat lagi kuburan untuknya di tempat yang berbeda, i) di Masjid Kufah, ii) di Rahbah, iii) di rumah Jo'dah Hirah dan, iv) di Ghirah, supaya tiada seorang pun akan mengetahui makam yang sebenarnya.
Mengapa dirahasiakan??
karena ketegangan dan situasi politik waktu itu pertikaian antara pengikut Imam Ali dan pengikut Muawiyah yang dikhawatirkan Kuburan imam Ali akan menjadi sarana cacimaki dan penghinaaan dari pengikut pihak yang berseberangan
Selama beberapa ratus tahun makamnya masih tidak diketahui oleh orang awam, hinggalah pada masa pemerintahan khalifah Harun al-Rasyid. Pada suatu hari khalifah Abbasiyyah ini pergi berburu di Najaf, tempat yang terkenal karana banyak rusa. Sewaktu anjing-anjing buruan mengejar, rusa-rusa mencari perlindungan di atas bukit Najaf., di mana semua anjing-anjing buruan tersebut enggan mendakinya. Apabila anjing buruan tiada, rusa-rusa itu akan turun dari bukit tersebut, tetapi apabila anjing buruan mengejar kembali, rusa-rusa tersebut lari kembali ke atas bukit sebagai tempat perlindungan. Lalu Khalifah bertanya kepada salah seorang penduduk setempat Orang itu menjawab dengan mengatakan bahwa dia mengetahui akan rahasia sebuah makam di situ tetapi dia takut hendak membocorkannya. Khalifah berjanji tidak akan mengapa-apakannya jika dia menerangkanya. Menurut penduduk tsb, pada suatu hari, dia bersama-sama dengan bapanya merawat makam disana. Lalu dia bertanya makam siapakah sebenarnya? bapanya menjawab ia pernah ketempat tersebut dengan Imam Ja'far al-Sadiq untuk tujuan ziarah. Imam Jakfar berkata bahwa itu adalah kuburan kakeknya, Amirul Mukminin Ali, Atas perintah kalifah Harun al rasyid, tempat itu dibongkar dan kelihatan sebuah perkuburan yang di atasnya terdapat sebuah batu, yang terdapat tulisan dalam bahasa Syria lama, yang berbunyi:"Dengan Nama Allah Yang Maha Pemurah Lagi Maha Penyayang, Kubur ini telah disediakan oleh Nabi Nuh AS untuk Ali, Pengganti Mohammad SAW, 700 tahun sebelum banjir besar." Khalifah menghormati tempat tersebut dan memerintahkan supaya diperbaiki. Kemudian dia pergi mengambil wudhuk dan solat dua rakaat. Beliau menangis di samping makam tersebut. kemudian dengan perintahnya yang berhubungan dengan semua peristiwa tersebut, dia menulis surat kepada Imam Musa al-Kazim (Generasi ke-7 Imam Ali) di Madinah bertanya tentang perkara tersebut. Imam Musa membenarkan bahwa, Amirul Mukminin Ali telah dikebumikan di tempat yang sama. Atas arahan khalifah Harun, sebuah bangunan telah didirikan di situ yang kemudiannya dikenali sebagai Hajir Haruni, Tidak lama kemudian, berita ini telah tersebar luas dan orang-orang Mukmin mulai berkunjung datang untuk berziarah ke situ.
Suatu hal yang mungkin mustahil bagi banyak orang yang meragukannya, bagaimana bisa Nabi NUH AS mengetahui nama Ali dan Mempersiapkan pekuburan untuk beliau?
Sebuah penemuan yang menghebohkan akhir2 ini yang diklaim sebagai bahtera nabi Nuh di pegunungan Turki Timur bisa sedikit menjelaskan
