Menurut sejarahnya, wilayah Gunungpati tak bisa dipisahkan dari peperangan antara prajurit Tuban dan Pati. Saat itu, banyak penduduk Pati yang mengungsi demi keselamatan jiwanya. Salah seorang diantaranya adalah Kiai Pati. Dengan mengendarai seekor sapi bernama Pragolapati, dia mengungsi bersama para pengikutnya. Tibalah rombongan ini di sebuah tempat yang dianggapnya aman dan nyaman.
''Daerah ini rasanya cukup aman untuk berlindung,'' kata Kiai Pati, yang diiyakan parapengikutnya. ''Bagaimana kalau kita menetap di daerah ini saja?'' tanya Kiai Pati, yang dijawab ''setuju'' oleh semua pengikutnya. Kemudian Kiai Pati berkata, ''Saudara-saudaraku, saksikanlah, daerah ini saya beri nama Gunungpati. Artinya, daerah bergunung-gunung, dan (digabungkan dengan) nama saya, Kiai Pati.''
Dalam perkembangannya, Gunungpati pernah menjadi sebuah kabupaten tersendiri. Hal itu dapat dibuktikan dari masih adanya dua pohon asam di tengah Alun-alun, sekitar 50 tahun lalu. Bahkan sampai sekarang, kita masih bisa menjumpai Kampung Ngabean, Pasar Kliwonan, Jagalan, dan Kauman di sekitar masjid, serta sebuah penjara bernama Sikrangkreng.
Hingga 1919, Gunungpati masih dipimpin seorang lurah bernama Jafar, yang masih keturunan langsung dari Kiai Pati. Di masa revolusi, Gunungpati adalah wilayah setenan dari asisten wedana wilayah Kawedanan Ungaran. Julukan bagi kepala pemerintahan Gunungpati adalah Pak Seten. Setelah Indonesia merdeka, tepatnya pada tahun 1947, wilayah Gunungpati menjadi bagian integral dari NKRI.
Status Gunungpati kemudian berubah dari kawedanan menjadi kecamatan di Kabupaten Semarang, tetapi pada pertengahan 1980-an diminta bergabung dengan Kota Semarang. Seiring berjalannya waktu dan kejayaan pemerintahan, kemudian Gunungpati dipimpin seorang camat hingga sekarang (kecamatan-gunungpati.com).
Sepintas menyusuri wilayah ini, menunjukkan bahwa pengembangan akan terus berlangsung sesuai RPJP 2010 – 2030 kota Semarang sehingga kelak di kemudian hari kecamatan Gunungpati yang masih nampak alamiah dengan pepohonan rindang dan hawanya yang sejuk akan menjadi wilayah pemekaran kota.
