Setelah pengumuman hasil jejak pendapat rakyat Timor Timur banyak terjadi kasus-kasus pelanggaran HAM yang terjadi di sana. Kekerasan, pembunuhan massal, kerusakan terhadap pemukiman penduduk dalam skala besar. Hal tersebut ditengarai adanya campur tangan pemerintah Indonesia sebagai bentuk kekecewaan mereka terhadap lepasnya satu daerah teritori mereka. Kecurigaan tersebut ternyata dibenarkan oleh hasil investigasi salah satu badan yang dibentuk oleh PBB yaitu United Nations Transitional Administration in East Timor (UNTAET) melalui lembaga bentukannya yaitu Serious Crimes Unit (SCU), yang pada 9 Maret 2004 mengumumkan dari 369 tersangka 281 orang diantaranya adala oknum dari luar Timor Leste, termasuk 37 anggota dan komandan militer dari TNI, 4 kepala kepolisian dari Indonesia, 60 orang anggota TNI asal Timor Leste, mantan gubernur Timor Timur dan lima mantan bupati2. Namun, pelaku yang diadili hanyalah orang Timor Leste dan sebagian besar anggota milisi.
Pada tahun 2005 pemerintah Republik Indonesia dan pemerintah Timor Leste membuat sebuah komisi untuk mengungkap kebenaran mengenai kasus HAM di Timor Leste pada rentang waktu 1974 sampai 1999. Komisi tersebut bernama Komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP). Komisi tersebut dimaksudkan untuk meningkatkan rekonsiliasi dan menjamin tidak akan terjadinya hal yang sama di masa mendatang. Laporan KKP pada tahun 2008 merekomendasikan antara lain, pemerintah Indonesia dan Timor Leste bekerja sama untuk menjelaskan nasib dan keberadaan dari mereka yang dihilangkan dan yang menghilang; membentuk suatu program pemulihan bagi para korban, khususnya korban kasus perkosaan dan kejahatan kekerasan seksual lainnya; dan bagi pemerintah Indonesia untuk mengakui dan meminta maaf atas penderitaan yang dibuat pada 1993.
Namun beberapa LSM baik internasional maupun nasional seperti Amnesti Internasional, ANTI dan KontraS memandang kinerja dari KKP sendiri belum cukup memuaskan dan menuntut kepada pemerintah Indonesia dengan bantuan komunitas internasional untuk mendukung upaya keadilan dan kebenaran bagi korban pelanggaran HAM di Timor Leste yang terjadi selama pendudukan Indonesia berlangsung.
Daftar Pustaka
Sujatmoko, Andrey. 2005. Tanggung Jawab Negara Atas Pelanggaran Berat HAM Indonesia,Timor Leste dan Lainnya. Jakarta. PT.Grasindo.
http://www.jsmp.minihub.org (diakses pada 13/04/2014)