Permasalahan ditingkat petani dalam budidaya pertanian adalah penurunan produktivitas lahan akibat penggunaan pestisida & pupuk kimia berlebihan selama bertahun tahun  mengakibatkan tanah menjadi tidak subur, pejal & keras.  Upaya yang dilakukan untuk mengembalikan tingkat kesuburan lahan dengan menyarankan petani menggunakan pupuk organic serta beralih dari pestisida kimia ke pestisida organik (biopestisida).  Dengan penerapan inovasi baru,  melalui aplikasi pupuk organik dan pestisida organik  (bioteknologi ramah lingkungan).Permasalahan budidaya tanaman pertanian (bawang merah), banyak mengandung pestisida termasuk kandungan tanah dan airnya.  Bila penggunaan berlebihan atau tertinggal residu dilahan pertanian dapat menjadi masalah pada kesehatan, termasuk menghambat produktivitas generasi yang akan datang. Efek pestisida pada kesehatan manusia adalah muncul beberapa penyakit yaitu hipotiroidisme (saat ibu hamil/ masa pertumbuhan), berat bayi lahir cacat, lahir cacat, autisme dan pertumbuhan terhambat (stanting).
