Pesantren kilat dilaksanakan di sela pembelajaran di sekolah. Ada juga  yang menselang seling antara belajar dan pesantren kilat. Misalnya satu minggu belajar, minggu berikutnya pesantren kilat. Hal ini disesuaikan dengan kebutuhan sekolah.
Sebenarnya apa manfaat pesantren kilat? Jawabannya tentu saja untuk menambah ilmu pengetahuan keagamaan. Misalnya ilmu tentang fikih puasa, ilmu sejarah Islam, bahasa Arab, mahfudzot (kata-kata mutiara), belajar hadis, dan tentu saja mempelajari Al Quran.
Walau sebentar, pesantren kilat mampu meninggalkan kesan mendalam pada peserta didik dan mereka tidak sabar untuk menunggu Ramadhan tahun depan. Hal ini terjadi karena sistim belajar di pesantren dikemas dengan cara-cara yang menarik. Seperti lewat tayangan video atau nonton film islami sama-sama, mendatangkan pengkisah profesional dan metode menarik lainnya.Â