Pro-kontra fungsi wakil menteri sebagai salah satu pejabat pemerintah semakin menuai banyak kritik dan menimbulkan polemik baru. Apalagi presiden memberikan Reinforcement untuk posisi wakil-wakil menteri melalui Keputusan Presiden Nomor: 65/M Tahun 2012. Jika ditelisik lebih jauh lagi, pengadaan struktur wakil menteri sarat dengan kepentingan partai penguasa. Pengadaan struktur wakil menteri adalah suatu apresiasi kepada partai pendukung. Artinya, orang-orang yang menduduki posisi wakil menteri merupakan ‘titipan’ partai koalisi sebagai bentuk terima kasih dari partai penguasa kepada partai-partai pendukung.