Isu agama kembali muncul di sekitar Jokowi, namun kali ini bukan membahas mengenai agama Jokowi, melainkan mengenai pernyataan dari Musdah Mulia, salah satu tim sukses Jokowi, yang menyebutkan bahwa Jokowi-JK akan menghapuskan kolom agama di Kartu Tanda Penduduk (KTP). Sebelumnya pernah ada yang mengatakan bahwa sebaiknya kolom agama di KTP dihapus, yaitu Wagub Basuki T Purnama alias Ahok, dan pernyataan Ahok tersebut dikecam oleh PPP karena dalam undang-undang telah ditetapkan bahwa agama adalah bagian dari kehidupan berbangsa dan bernegara.