Selama masa pemerintahan SBY, kebijakan dan program pemerintah untuk membangun Papua, termasuk otonomi khusus, fokus pada tiga isu penting. Pertama, kedaulatan dan keutuhan wilayah. Kedua, keamanan. Ketiga, pembangunan dan upaya peningkatan kesejahteraan rakyat Papua.Soal isu kesejahteraan dan pembangunan, menurut SBY, selama sembilan tahun terakhir ini ia menitik beratkan dengan berbagai kebijakan dan program aksi, termasuk otonomi khusus.
