Protokol kesehatan yang diberlakukan disini dengan cara grouping sebanyak 5-10 pengunjung saja. Saat kunjungan, wisatawan harus didampingi oleh seorang guide yang mengarahkan pengunjung selama tour.
Sebelum memasuki Taman Sari, wisatawan diwajibkan cek suhu tubuh, cuci tangan, dan menunggu panggilan antrian group untuk memulai berwisata. Selama kunjungan, wisatawan harus tetap didalam group dan tetap melakukan physical distancing.
Guide akan mengatur alur wisata setiap group supaya tak terjadi tumpukan wisatawan di satu area. Lokasi obyek wisata yang berada dilingkup area perkampungan penduduk ini mewajibkan wisatawan menggunakan masker, dan hanya diperbolehkan melepas jika akan berfoto.