Dalam kuliah umum yang bertema "Peranan Pendidikan Agama Islam dalam Menangkal Radikalisme dan Ekstremisme Faham Keagamaan di Indonesia" itu menurut Haidar Bagir Pendidikan Islam yang ada sekarang ini justru bisa juga melahirkan radikalisme dan pemahaman agama yang ekstrem. Inilah pokok-pokok pemikiran beliau :
Kalau kita amati Pendidikan Agama Islam yang diajarkan di bangku sekolah sekarang ini ketika menggambarkan tentang Nabi Muhammad Saw, menunjukkan bahwa di sepanjang masa kenabian itu dipenuhi dengan perang. Padahal kalau diteliti lebih jauh bahwa Nabi Saw berdakwah selama 23 tahun yang berarti kurang lebih selama 8.000 hari, menurut hasil penelitian para ahli sejarah hanya 800 hari saja yang diisi dengan perang atau sebanyak 10%. Lantas, yang 90% selebihnya apa yang dilakukan oleh Rasulullah?