Kedekatan antara pemimpin Yogyakarta, Sultan Hamengkubuwono IX dengan tentara Jepang yang nantinya menjadi Gubernur Kyoto, Yukio Hayashida saat Perang Dunia II membuat kerja sama antara Daerah Istimewa Yogyakarta dan Kyoto semakin mudah untuk dilakukan.
Selanjutnya, persamaan Daerah Istimewa Yogyakarta dan Kyoto sebagai kota pusat budaya dan pendidikan harus menjadi potensi yang diolah dengan baik.
Berdasarkan berbagai kesamaan tersebut, maka dibentuklah Sister Province pada tahun 1985, sebuah kerja sama antara Daerah Istimewa Yogyakarta dan Kyoto.
Dalam lingkup diplomasi, kerja sama antara Daerah Istimewa Yogyakarta dan Kyoto masuk di dalam paradiplomasi.