Zulkifli yang bersal dari koalisi pro-Prabowo Subianto akhirnya terpilih menjadi Ketua MPR periode 2014-2019 setelah melalui proses pemungutan suara di gedung Nusantara I, Senayan, Jakarta, pada 7-8 Oktober 2014. Zulkifli dan paket wakilnya, terdiri atas Mahyuddin, Evert Erenst Mangindaan, Hidayat Nur Wahid, dan Oesman Sapta,menang dengan 347 suara mengalahkan pesaingnya yang berasal dari koalisi pro- Joko Widodo yaitu Oesman Sapta Odang dan wakilnya, yakni Ahmad Basarah, Imam Nahrawi, Patrice Rio Capella, dan Hasrul Azwar, dengan selisih 17 suara.