Hubungan antara Ahmad Yani dan A.H. Nasution awalnya baik-baik saja dan keduanya dapat bekerja sama dalam Angkatan Darat. Namun, menurut Salim Said dalam bukunya "Gestapu 65: PKI, Aidit, Soekarno, dan Soeharto", konflik besar muncul ketika Yani menarik pasukan dari Markas Besar AD yang menjaga rumah Nasution pada akhir 1964. Yani bahkan memerintahkan Mayor Jenderal TNI Suprapto untuk menangkap Nasution.
Nasution yang mendengar kabar ini mempersiapkan diri, dan perwira di kubu Nasution, Brigjen TNI Abdul Kadir Besar, menyiapkan senjata untuk menghadapi kemungkinan konflik fisik. Untungnya, bentrok tidak terjadi karena ditolak oleh jenderal-jenderal senior seperti Basuki Rahmat, R. Soedirman, Sarbini, dan Soeharto. Yani akhirnya membatalkan perintahnya beberapa hari kemudian.
Dimarahi oleh Sopirnya
Selain konflik dengan Nasution, Yani juga pernah dimarahi oleh sopirnya. Saat ingin melakukan inspeksi ke tempat yang belum aman dengan jeep, sopirnya memperingatkan agar membawa pengawal karena rute yang dilalui cukup rawan. Namun, Yani mengabaikan nasihat tersebut dan tidak membawa ajudannya. Ketika dalam perjalanan, jeep mereka ditembaki dari semak-semak dan terperosok ke dalam selokan. Sopir itu marah-marah dan mengomel, tetapi Yani malah mengangkatnya sebagai sopir khusus Panglima Operasi 17 Agustus.
Menampar Soeharto
Saat masih berdinas di kemiliteran, Soeharto yang kala itu menjadi Panglima Tentara Teritorial Diponegoro di Jawa Tengah, terlibat masalah penyelundupan pada akhir 1950-an. Dilansir dari tirto.id, Soeharto bersama Letkol Munadi, Mayor Yoga Sugomo, dan Mayor Sujono Humardani diduga menjual 200 truk AD selundupan. Tim Inspeksi Angkatan Darat dari Jakarta datang ke Semarang untuk memeriksa kebijakan Soeharto. Mendengar berita ini, Yani marah karena kasus tersebut memalukan bagi korps. Dalam suatu kesempatan, Yani bahkan menampar Soeharto. Abdul Haris Nasution, yang menjadi KSAD saat itu, mengusulkan agar Soeharto diadili dan dipecat, namun akhirnya masalah tersebut diselesaikan secara kekeluargaan.
Ahmad Yani, yang dikenal dekat dengan Sukarno, ternyata memiliki pengalaman-pengalaman yang tak terduga. Sebagai perwira tinggi berpengaruh di Angkatan Darat, Yani pernah berselisih dengan Nasution dan menampar Soeharto yang terlibat dalam kasus penyelundupan. Selain itu, kejadian di mana ia dimarahi oleh sopirnya merupakan salah satu cerita unik dalam hidupnya.
