Latar belakang terjadinya terorisme ini terbagi menjadi beberapa faktor. Faktor utamanya ialah ketegangan semasa konflik Indonesia dan Malaysia. Indonesia merupakan negara yang meyakini bahwa negara Malaysia merupakan proyek neokolonialisme dari Inggris. Indonesia menilai fakta tersebut sebagai ancaman bagi kedaulatan serta integritasnya sebagai negara. Oleh karena itu, Indonesia mengirimkan pasukannya untuk menyabotase Malaysia dan Singapura. Disisi lain, para penyabotase mengambil langkah pengeboman di wilayah-wilayah yang telah di rencanakan yang mana merupakan langkah yang salah.
