Peneliti Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Siti Zuhro mengatakan, kegagalan Otonomi Khusus di Papua dan Papua Barat itu dikarenakan dalam penerapannya pelaksanaan Otonomi Khusus itu tidak dikelola langsung oleh Pemerintah Daerah Papua sendiri. Pemerintah Daerah Papua tidak menjalankan tugasnya. Sehingga, implementasi dana Otonomi Khusus dalam sektor pendidikan dan kesehatan tidak berjalan sebagaimana mestinya. Deputi Bidang Koordinasi dan Sinkronisasi Perencanaan dan Pendanaan Unit Percepatan Pembangunan Provinsi Papua dan Papua Barat (UP4B) M Ikhwanuddin Mawardi menyebutkan, kegagalan Otonomi Khusus juga disebabkan lemahnya pengendalian dan pengawasan pengelolaan dana Otonomi Khusus oleh pemerintah pusat, baik Kementerian Dalam Negeri, Kementerian Keuangan, maupun Bappenas.
