Pada Agresi Militer Belanda yang ke-2 di tahun 1948, gedung ini digunakan sebagai Markas Tentara Belanda. Lalu pada tahun 1950-1960 digunakan secara bergantian oleh Sekolah Guru Atas (SGA) dan Sekolah Guru Dasar (SGB)
SMP Negeri 6 Yogyakarta terletak di Jalan RW. Monginsidi No. 1, Jetis. Yogyakarta. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan nomor 167/SK/B/III tanggal 25 Mei 1960 SGB Negeri I Yogyakarta diganti menjadi SMP Negeri 6 Yogyakarta dan dinyatakan keberadaannya sejak tanggal 1 Agustus 1960 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Bangunan SMPN 6 Yogyakarta juga terdaftar sebagai bangunan cagar budaya di kota Yogyakarta, yang ditetapkan dengan Per.Men Budpar RI Nomor PM. 07/PW.007/MKP/2010.
SMP Negeri 6 Yogyakarta telah mengalami pergantian Kepala Sekolah sebanyak 16 kali dari sejak berdirinya. Kepala Sekolah pertama sampai yang terakhir saat ini adalah sebagai berikut :
1. Drs. Antun Suharno
2. RM. Soedarmo
3. Murdani Dwi Atmojo
4.bR. Suharso, BA.
5.bNy. R. Suharso
6. R. Bambang Soeharto
7. Drs. Nyoman Rajeg
8. Moehadi, BA.
9.nUmi Yadinah
10. Drs. Y. Winarno
11. Drs. Tatang Soemantri
12. Drs. M. Suparno
13. Drs. H. Martoyo
14. Retna Wuryaningsih, S.Pd., M.Pd.
15. Dra. T. Sugiyarti
16. Dwi Isnawati, S.Pd.
Dari 16 orang Kepala Sekolah tersebut yang telah wafat ada 8 orang, yaitu
1. RM. Soedarmo
2. Murdani Dwi Atmojo, R
3. Suharso, BA.
4. Ny R. Suharso
5. Drs. Nyoman Rajeg
6. Moehadi, BA.
7. Umi Yadinah
8. Drs. Y. Winarno
Pada tanggal 1 Agustus 2024 SMP Negeri 6 Yogyakarta telah menginjak usia ke-64. Untuk menyambut dan memeriahkan pertambahan usia ini SMP Negeri 6 Yogyakarta mengadakan upacara khusus hari ulang tahun dan aneka lomba bagi para siswa. Selain itu SMP Negeri 6 Yogyakarta juga menyelenggarakan Satriatama Got Talent untuk menjaring bakat-bakat baru dan memetakan potensi siswa. SMP Negeri 6 juga mengadakan kembali gerakan Satriatama Peduli yaitu penggalangan dana dan pengumpulan bahan pokok untuk disalurkan kepada yang membutuhkan.
