Ciliwung sebagai satu kesatuan ekosistem hulu-hilir sudah diperdengarkan puluhan bahkan mungkin ratusan kali. Tak kurang, Harian Kompas melakukan kegiatan “Ekspedisi Ciliwung” pada tahun 2009 dan menggali aspek ekologis, sejarah, budaya yang dibangun di sepanjang Sungai Ciliwung sejak jaman prasejarah hingga kini. Dari laporan ekspedisi itu dan dari berbagai laporan lainnya bahkan dengan pengalaman langsung bersentuhan dengan Sungai Ciliwung, kita sepakat bahwa Ciliwung sedang sakit. Pembangunan yang tidak memerhatikan dampak lingkungan dan pencemaran oleh rumah tangga dan industri adalah dua penyebab utama kerusakan Ciliwung.
Hilangnya daerah tangkapan air di hulu menyebabkan fluktuasi debit semakin tinggi antara kemarau dan musim hujan. Besarnya curah hujan tidak lagi dapat diserap kawasan Puncak dan Kota Bogor sehingga mendatangkan banjir di hilir. Melimpahnya air hingga banjir di musim hujan sangat bertolak belakang dengan kekeringan sepanjang kemarau.
Ciliwung pun didera masalah keanekaragaman hayati yang dulu menjadi kebanggaannya. Berbagai jenis ikan telah punah. Di bagian hilir, di Jakarta, spesies ikan yang hidup pun tinggal ikan sapu-sapu (Hypostomus spp) yang merupakan ikan asing dan bersifat sangat invasif. Ikan endemik Ciliwung pun tergeser karena ikan sapu-sapu memakan telur ikan lain, memakan makanan ikan lain dan mampu bertahan di sungai berkualitas air buruk.
