Sebagaimana profesi lainnya, profesi anggota BPK sebagai auditor negara juga mempunyai norma dan kode etik. Dalam kode etik BPK disebutkan bahwa pemeriksa harus memiliki integritas dan dapat mempertahankan independensinya dalam pemeriksaan yang dilakukannya. Untuk menjaga independensi ini dalam kodeetik juga dinyatakan tidak boleh menjadi anggota atau pengurus partai politik.
Tidak seperti pejabat negara lainnya yang dipilih oleh DPR seperti KPK misalnya, anggota BPK baru mengundurkan diri dari keanggotaan atau pengurus partai politik setelah yang bersangkutan terpilih menjadi anggota BPK. Kandidat anggota BPK yang mengikuti fit and proper test oleh DPR masih menjadi pengurus partai politik. Bahkan dua di antara 5 anggota terpilih periode 2014-2019 masih menjadi anggota DPR Komisi XI yang melaksanakan fit and proper tersebut.