Pembacaan dan pembacaan ulang transkip-transkip diikuti dengan pemilihan materi untuk analisis selanjutnya, ini disebut sebagai pengkodean. Pengkodean transkip-transkip dilakukan dengan tetap berpijak pada persoalan riset. Semua bagian teks yang relevan dipilah, disalin, dan disusun untuk analisis. Pada tahapan ini, kita perlu memastikan agar semua materi yang relevam turut disertakan. Ini berarti contoh-contoh yang tidak secara langsung atau hanya samar-samar saja terkait dengan persoalan riset pun harus diidentifikasi. Kita tidak perlu menggunakan kata kunci tertentu sebagai dasar seleksi materi tekstual. Semua konstruksi yang bersifat implisist pun harus disertakan pada tahap pengkodean ini. Kebutuhan untuk melakukan pengkodean sebelum analisis menunjukkan bahwa kita tidak pernah bisa menghasilkan analisis wacana atas sebuah teks secara menyeluruh. Persoalan riset kita mengidentifikasi aspek tertentu dari wacana yang telah kita putuskan untuk kita jelajahi secara terperinci. Pengkodean membantu kita menyeleksi bagian-bagian relevan dari teks yang merupakan data kita. Selalu ada banyak aspek wacana yang tidak akan kita analisis. Ini berarti bahwa materi yang sama bisa dianalisis lagi dan menghasilkan wawasan lebih jauh lagi.
