Jika dilihat dalam pelaksanaannya, banyak penyimpangan yang terjadi dalam pelaksanaan dan penyelenggaraan RSBI. Salah satunya mungkin karena pemerintah indonesia terlalu berambisi untuk mendapatkan pengakuan internasional bidang pendidikan. Pemerintah mulai mengadakan perijinan RSBI, yang kemudian disambut baik oleh banyak lembaga pendidikan. Yang mengecewakan, banyaknya sekolah negeri yang ikut-ikut mengajukan perijinan RSBI. Padahal, biaya untuk bersekolah di RSBI sangatlah mahal, antara 400-500ribu per bulan, belum uang masuk yang berkisar antara 6juta. Sekolah negeri harusnya bisa diakses oleh berbagai kalangan, dari yang mampu hingga kurang mampu. Pemerintah telah salah jika mengabulkan perijinan RSBI kepada sekolah negeri. Perijinan RSBI harusnya diberikan kepada sekolah swasta terlebih dahulu, tapi tentunya hanya sekolah swasta yang berprestasi baik di setiap kabupatennya. Kalau tidak ada, baru beralih pada sekolah terbaik se kabupaten tersebut, sehingga kualitas pendidikan sedikit terjamin. Tapi, pemerintahmalah mengeluarkan ijin sembarangan, dan kini susah sendiri karena kesalahan yang mereka perbuat.
