Awal berdirinya Gedung Museum ini di Balai Kota (Stadhuis) yang diresmikan oleh Gubernur  Jendral Hindia Belanda Abraham Van Riebeeck pada 1710. Gedung ini dibangun mulai pada era Gubernur Jendral Jan Pieterszoon Coen pada 1627.  Bukti sejarah yang masih utuh dan asli pada masa pemerintahan Belanda bisa dilihat di Museum Fatahillah ini.
Jika ingin berkunjung ke museum ini ada beberapa hal yang harus diperhatikan, sebagai berikut :
1. Jam Buka
Museum Fatahillah ini dapat dikunjungi setiap hari kecuali hari Senin, jam buka mulai pukul 08.00-15.00 WIB.
"Pelayanan di loket sampai pukul 14.30 WIB, kalau tutup sampai 15.00 WIB," kata petugas Museum Fatahillah Galih Nugraha.
2. Harga Tiket
Terkait informasi dari petugas setempat, harga tiket masuk Museum Fatahillah dapat dikelompokkan menjadi dua kategori yaitu pengunjung dalam bentuk grup dan pengunjung perorangan. Untuk harga tiket masuk Museum Fatahillah dikenakan biaya mulai dari Rp 2.000 untuk kalangan pelajar (dari TK-SMA), untuk kalangan mahasiswa dikenakan biaya Rp 3.000, dan untuk kalangan dewasa dikenakan biaya Rp 5.000.
Jika pengunjung yang datang dalam bentuk grup (rombongan) dengan minimal 30 orang akan diberikan potongan harga untuk setiap masing-masing anggota. Adapun harga tiket masuk per grup untuk pelajar dikenakan biaya Rp 1.500 per orang dan tiket masuk per grup untuk dewasa dikenakan biaya Rp3.750.
Adapun aktivitas yang dilakukan jika berkunjung ke Museum Fatahillah, sebagai berikut :
1. Lihat Koleksi
Kegiatan yang paling utama setelah sampai di Museum Fatahillah adalah melihat peninggalan-peninggalan sejarah yang dipajang. Ada beberapa koleksi yang menarik perhatian pengunjung seperti maket denah Batavia pada masa pemerintahan Hindia Belanda, ruang sidang di lantai dua, sampai aneka ragam lukisan yang penuh cerita.
2. Masuk Penjara Bawah Tanah
Di Museum Fatahillah sendiri juga punya penjara bawah tanah yang tidak kalah menarik untuk dikunjungi. Tempat penjara bawah tanah ini merupakan tempat tawanan pada masa pemerintahan Belanda ditahan. Penjara bawah tanah  di Museum Fatahillah ini dibagi menjadi dua kategori yaitu penjara bawah tanah khusus untuk pria dan penjara bawah tanah khusus untuk wanita. Bagi pengunjung yang penasaran akan sadisnya kondisi penjara tawanan bisa langsung lihat ke lokasi penjara bawah tanah.
3. Duduk di taman
Di halaman belakang Museum Fatahillah ada taman yang sejuk yang ditumbuhi pepohonan dan dilengkapi fasilitas kursi taman. Setelah lelah berkeliling museum pengunjung dapat beristirahat di kursi taman sembari menyantap bekal. Di dekat kursi taman terdapat mushala dan toilet, jadi pengunjung perlu keluar area museum untuk kegiatan ibadah dan buang air kecil.
4. Berfoto
JIka berkunjung ke Museum Fatahillah jangan lupa untuk berfoto bersama teman atau keluarga di kawasan Museum Fatahillah, baik di dalam ruangan atau di luar ruangan. Tetapi perlu diingat bahwa pengunjung tidak diperbolehkan untuk memotret untuk kepentingan komersil, dan dilarang untuk memotret menggunakan tambahan flash dari kamera. Petugas Keamanan di Museum Fatahillah Galih Nugraha mengatakan bahwa pantulan dari flash kamera dapat merusak pajangan museum yang sudah tua.
