Bagian awal cerita menggambarkan sosok Mary Stuart (Saoirse Ronan) yang berada di tahanan. Ia akan menjalani persidangan yang akan menentukan hidup matinya.
Cerita kemudian berlanjut pada kisah sebelumnya (flashback). Mary Stuart yang suaminya, pimpinan Prancis, Francis II of France  meninggal dunia, kemudian kembali ke Skotlandia, tinggal bersama saudara tirinya, Earl of Moray
Mary dan Elizabeth adalah saudara sepupu. Kakek mereka adalah Henry VII yang memiliki delapan anak, dua di antaranya Henry VIII Tudor dan Margaret Tudor. Mary adalah cucu dari Margaret dan James IV yang kemudian berdiam di Skotlandia. Sedangkan Elizabeth I adalah cucu dari Henry VIII Tudor dan Anne Boleyn.
Ketika King James V wafat maka Mary Stuart pun mendapatkan gelar sebagai Queen of Scotland. Namun ia kemudian menikah dengan Raja Prancis sebelum kemudian kembali ke Skotlandia.