Amandemen Undang-Undang Dasar 1945 dilakukan sebanyak empat kali dari tahun 1999 hingga 2002, memperkuat hak asasi manusia, kebebasan pers, dan peran lembaga legislatif serta yudikatif, yang sebelumnya dikendalikan secara ketat oleh eksekutif. Kebebasan pers yang sangat dibatasi di era Orde Baru mulai diakui sebagai hak dasar, memungkinkan munculnya berbagai media independen dan kritis. Media massa memiliki peran penting dalam mengawasi dan melaporkan praktik pemerintahan, korupsi, serta isu-isu masyarakat lainnya.
Undang-Undang Keterbukaan Informasi Publik juga diundangkan pada tahun 2008, menjamin hak publik untuk mengakses informasi dari badan pemerintah. Pemilihan Presiden langsung pertama kali dilakukan pada tahun 2004. Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) terpilih sebagai presiden pertama yang dipilih langsung oleh rakyat. Hal ini menandakan tonggak penting dalam demokrasi Indonesia, memberikan hak kepada rakyat untuk memilih pemimpin nasional mereka secara langsung dan bebas.
Sistem pemilu ini juga berlaku untuk kepala daerah, sehingga pemilihan kepala daerah (pilkada) langsung diterapkan di seluruh provinsi dan kabupaten/kota di Indonesia. Dalam upaya mengatasi korupsi yang merajalela selama Orde Baru, Indonesia mendirikan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) pada tahun 2002. KPK diberi wewenang untuk menyelidiki, mengadili, dan menuntut kasus-kasus korupsi yang melibatkan pejabat publik.
KPK memainkan peran signifikan dalam menangani kasus-kasus korupsi tingkat tinggi, meskipun juga mengalami tantangan dan tekanan dari berbagai pihak. Pada masa reformasi, upaya pemberantasan korupsi telah menjadi salah satu fokus utama bagi pemerintah dan masyarakat.
 Indonesia menghadapi berbagai konflik sosial dan etnis selama awal era Reformasi, seperti di Aceh, Ambon, dan Poso. Upaya penyelesaian konflik ini menjadi agenda utama bagi pemerintahan era reformasi.
Salah satu langkah penting adalah penandatanganan MoU Helsinki pada tahun 2005, yang mengakhiri konflik panjang antara pemerintah Indonesia dan Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Aceh diberikan status otonomi khusus, termasuk dalam pengelolaan sumber daya dan penerapan syariat Islam di provinsi tersebut. Era Reformasi adalah fase penting dalam sejarah Indonesia yang menandai transisi dari pemerintahan otoriter menuju demokrasi yang lebih terbuka dan transparan. Meskipun tantangan seperti korupsi, ketimpangan sosial, dan konflik politik masih ada, Reformasi telah memberikan landasan yang lebih kuat bagi Indonesia untuk bergerak menuju masyarakat yang lebih adil dan demokratis.
