Hal paling kontroversial dari materi RUU Pilkada adalah model pemilihannya. Apakah dipilih langsung oleh rakyat atau oleh DPRD. Mengenai ini, suara fraksi di DPR terbelah. Tercatat 5 fraksi yang akan memilih Pilkada oleh DPRD, yakni Fraksi Gerindra, Fraksi PKS, Fraksi PAN, Fraksi Partai Golkar, dan Fraksi PPP. Sementara yang tetap dengan pilihan Pilkada langsung ada 4 fraksi, yakni fraksi PDI P, Fraksi Partai Hanura, Fraksi PKB, dan Fraksi Partai Demokrat yang baru beralih pilihannya dengan sejumlah catatan perbaikan Pilkada langsung. Itulah dua kelompok pilihan di DPR RI saat ini. Keduanya sama-sama mengklaim pilihannya itu demokratis, sesuai dan tidak betentangan dengan UUD 1945.
