Sejalan dengan Misi sekolah yakni: "mengembangkan potensi siswa melalui kegiatan ekstrakurikuler" maka Siswa/siswi, Don Bosco diberi kesempatan untuk mengembangkan minat bakat yang dimilikinya.
Peserta didik bebas memilih sesuai hobi atau bakat yang dimiliki untuk pengembangan diri. Pilihan ini juga harus mendapat dukungan dari orang tua, agar orang tua bertanggungjawab menyiapkan alat atau sarana bagi siswa sesuai dengan kebutuhan.
Sebagai contoh, bila siswa memilih untuk melatih gitar, maka orang tua wajib menyiapkan sarana yang dibutuhkan.
Ada beberapa pilihan kegiatan ekstrakurikuler yang diminati siswa SMPK Don Bosco Atambua yakni, kelompok Organ/piano, kelompok gitar, kelompok biola, kelompok teater, kelompok drum band, kelompok basket, kelompok literasi, kelompok Pramuka, kelompok bela diri, kelompok YouTubers, dll.
