Isu-isu kelautan menjadi masalah yang harus diselesaikan oleh Indonesia bersama-sama Negara lain di kawasan regional dan internasional. Isu global menjadi tantangan Indonesia diantaranya sumberdaya perikanan terancam punah, kemiskinan masyarakat pantai dan pesisir, rusaknya terumbu karang dan mangrove, pencemaran di laut akibat meningkatnya industri migas lepas pantai, konservasi dan perlindungan terhadap masyarakat dan ekosistem di pulau-pulau kecil dan pesisir, dampak perubahan iklim di laut yang mengakibatkan naiknya suhu dan permukaan laut diikuti pengasaman di laut dan lain-lain. Kesemuanya ini memerlukan penanganan pengelolaan kelautan yang terintegrasi, fokus, terarah dan saling menunjang. Penanganan kelautan yang baik dan benar, tepat arah akan memudahkan Indonesia menjawab tantangan ke depan menghadapi berlakunya ASEAN Economic Community (AEC) yang diharapkan dapat menyelesaikan masalah perekonomian dan isu kemiskinan yang terjadi di Indonesia dan kawasan regional.