Dualisme Parpol diperkirakan juga bisa menjadi pemicu konflik di daerah saat Pilkada. Saat ini, masih ada dua Parpol yang mengalami sengketa kepengurusan yaitu PPP dan Golkar. Setiap tahapan Pilkada pastinya memiliki potensi konflik, namun skalanya ada yang kecil dan luas, yang punya kemampuan mengganggu pemangku kepentingan. Hal ini terjadi dalam penetapan pasangan di Kab. Kepulauan Aru, dimana pasangan GAA Gainau – Safarudin Hamu dan pasangan Obet Barends – Elias Darakay tidak diloloskan oleh KPU. Ujungnya kedua pasangan tersebut melakukan gugatan ke Panwaslu. Perlu kita apresasi langkah kedua pasangan tersbut, karena memang sudah ketentuannya setiap ada indikasi kecurangan dalam Pilkada harus ditempuh melalui jalur hukum, bukan pengerahan massa yang ditakutkan akan terjadi bentrok fisik.
