Pesan dari film ini adalah mengajak masyarakat dunia khususnya masyarakat Amerika Serikat untuk tidak menjudge bahwa setiap muslim adalah teroris dan tidak pantas mendapatkan perlakuan yang tidak baik. Selain berusaha menghapuskan stereotip tersebut, film ini juga sedikit menyindir bahwa dunia islam seharusnya dunia yang penuh dengan kasih sayang, mengingat semua ajarannya sangatlah humanistik sekali, sehingga peristiwa teroris bukanlah merupakan ajaran islam dan Film My Name is Khan sangatlah menampar dunia barat, karena menunjukan bahwa Islam bukan teroris dengan segala nilai-nilai yang coba ditunjukan oleh sang pemeran Utama Sakhruh Khan.
