Sistem pendidikan di pesantren memiliki beberapa macam; ada yang di sebut salafiah, yaitu menggunakan kurikulum gaya lama, menggunakan metode ceramah dengan materi kitab klasik (kitab kuning). Ada juga pesantren menggunakan sistem modern; dimana kurikulum pendidikan sudah disesuaikan dengan perkembangan zaman, dengan menggunakan kitab kontemporer hasil tulisan dan karya ulama-ulama sekarang, tentunya juga merujuk kepada kitab klasik, namun sudah menggunakan metode pembelajaran gaya Sekarang; seperti metode diskusi, kelompok, face to face, dan lain-lain.
Apa pun jenis kurikulum dan sistem gaya pembelajaran di sebuah pondok pesantren, tidak menjadikan kedua lembaga ini berbeda dalam pengamalan nilai-nilai islam. Buktinya sejak awal berdiri pesantren, yaitu awal kemerdekaan bahkan ada pesantren yang sudah ada sebelum indonesia merdeka, belum kita lihat lahir mazhab baru dari hasil kajian ilmu di pondok pesantren, seluruh pondok pesantren masih menggunakan empat mazhab untuk masuk kedalam pintu ilmu Allah yang terdapat dalam Al quran dan hadis. Bahkan hingga sekarang kedua lembaga ini bersanding, dengan jabat tangan yang erat dalam kemajuan negara indonesia sesuai dengan kapasitas kualifikasi keilmuan.
Santri generasi emas
Kapasitas mengurus indonesia raya ini, tidak akan mampu di lakukan oleh palajar yang doyan mabuk-mabukan, balap liar, serta remaja yang mengira bahwa kesuksesan bisa di dapatlan dengan menghayal. Kalau generasi seperti itu, kita katakan kepada mareka "kami menitipkan negara ini pada kalian" lalu mereka menjawab sambil nyerang musuh dalam game pabg "tarok situ aja negaranya, setelah nyerang aku ambil".
