Film G30s PKI menggambarkan peristiwa tragis yang terjadi pada malam 30 September hingga dini hari 1 Oktober 1965, ketika sekelompok militer yang diduga berafiliasi dengan Partai Komunis Indonesia (PKI) melakukan upaya kudeta terhadap pemerintahan Indonesia. Dalam upaya tersebut, tujuh perwira tinggi TNI Angkatan Darat diculik dan dibunuh secara keji.
Peristiwa ini dimulai dengan operasi penculikan yang dilakukan oleh pasukan Cakrabirawa, yang dikenal sebagai satuan pengawal Presiden. Mereka mendatangi rumah-rumah para jenderal dan membawa mereka secara paksa ke Lubang Buaya, sebuah tempat di pinggiran Jakarta yang menjadi saksi bisu dari kekejaman tersebut. Para jenderal, seperti Jenderal Ahmad Yani, Letnan Jenderal Suprapto, dan Mayjen D.I. Panjaitan, diperlakukan dengan kejam sebelum akhirnya dibunuh.
Di Lubang Buaya, para perwira mengalami siksaan fisik yang luar biasa. Tubuh mereka dianiaya sebelum akhirnya dibunuh dengan cara yang sangat brutal. Setelah dieksekusi, mayat mereka dibuang ke dalam sebuah sumur tua yang dikenal sebagai "Lubang Buaya". Tindakan ini menunjukkan betapa kejamnya kelompok yang ingin merebut kekuasaan dan menghancurkan tatanan negara Indonesia saat itu.
Selain pembunuhan para jenderal, film ini juga menggambarkan ketegangan politik dan militer yang terjadi di Jakarta pada hari-hari setelah pembantaian tersebut. PKI diduga berusaha untuk menghasut rakyat dan mengambil alih kekuasaan dengan menghilangkan pengaruh militer. Namun, upaya kudeta ini akhirnya digagalkan oleh pihak militer yang dipimpin oleh Mayor Jenderal Soeharto, yang kemudian mengambil tindakan cepat untuk mengamankan situasi.
