Tidak jelas kapan bermulanya tradisi padusan ini terjadi, namun yang jelas istilah padusan sendiri adalah sebuah istilah dalam bahasa jawa baru yang dimulai di era Mataram. Maka tentunya padusan ini kira-kira muncul setelah era Mataram.
Namun, jika ditelusuri, maka tradisi yang mirip dengan padusan sudah ada jauh hari sebelum era Mataram. Di era kerajaan-kerajaan sebelum Mataram, bahkan sebelum Demak, yaitu Majapahit dan sebelumnya, banyak ditemukan adanya situs patirtan. Yang salah satu fungsi patirtan adalah menjadi tempat bersuci sebelum melakukan ritual keagamaan di masa itu.
Di jaman kawalen (era para wali) yang datang untuk menyebarkan ajaran Islam ke tanah Jawa, fungsi patirtan di era sebelumnya dialihkan dengan membuat kolam yang mengelilingi masjid. Sehingga para jamaah yang akan masuk ke dalam masjid harus terlebih dahulu membersihkan diri di kolam tersebut.
Di jaman kraton Ngayogyakarta, tradisi padusan diyakini sudah dilaksanakan  sejak zaman Hamengkubuwono I. Waktu itu, tradisi ini rutin diadakan di kolam-kolam masjid atau sumber mata air yang ditentukan Kraton.
Biasanya pada waktu itu para lelaki turun ke kolam-kolam dan menceburkan diri di sana. Sementara itu kaum perempuan tidak melakukan padusan bersama laki-laki tersebut.
Seiring jaman, tradisi padusan yang awalnya bernilai budaya dengan filosofi pembersihan diri, kini telah bergeser hanya menjadi tradisi wisata semata. Dapat kita saksikan bahwa tempat wisata bernuansa air, seperti pantai, sungai, air terjun, kolam renang dan sebagainya akan ramai dengan para wisatawan yang mandi beramai-ramai.
Padusan yang seharusnya dilakukan seorang diri, kini berubah menjadi mandi atau berendam beramai-ramai di satu lokaai wisata air, sehari sebelum menjalani ibadah puasa Ramadhan. Padusan yang tadinya adalah tradisi yang sakral, lambat laun berubah menjadi komoditas pariwisata semata.
