Studio ini didirikan oleh Hideaki Anno, Yoshiyuki Sadamoto, Hiroyuki Yamaga, Takami Akai, Toshiyo Okada, Yasuhiro Takeda, dan Shinji Higuchi pada tahun 1984.
Pada tahun 2007 Anno meninggalkan Gainax dan dia mendirikan studio baru, namun dia tetap memegang saham studio tersebut.
Dikutip dari anime corner, studio Gainax telah banyak hutang yang dimana hal tersebut dibuat oleh para petinggi Gainax, dan kini terjerumus dalam situasi yang sulit, seperti yang sebelumnya dikeluarkan dari panitia karena tidak dapat membayar royalti dan digugat karena adanya pinjaman.
Di sejumlah wilayah juga terdapat perusahaan afiliasi yang mencantumkan Gainax, diwaili oleh para eksekutif dan reaan mereka, dan ini mengakibatkan adanya sejumlah pengunduran diri dan hilangnya fungsi dari produksi animasi sebagai sebuah studio.
Perusaha-perusahaan yang menggunakan nama Gainax ini juga mengaku tidak terkait dengan aktifitas yang dilakukan oleh Gainax asli dan mengabaikan tanggung jawab mereka.
Pada tahun 2018, direktur perusahaan yang menjabat sejak tahun 1992 dan mengalihan saham kepada seseorang yang tidak mempunyai pengetahuan dalam bidang animasi. Setelah itu, pada tahun 2019 dia tangkap oleh kepolisian karena melakukan pelecehan sekual pada anak dibawah umum dan semenjak saat itu Gainax kehilangan kemampuan opersi karena dibebani oleh hutan yang sangat besar.
