Sepanjang sejarah, wilayah perairan Indonesia berubah-ubah luasnya, sesuai dengan rezim aturan yang berlaku pada masanya. Menurut pakar hukum kelautan Fakultas Hukum Universitas Indonesia (FHUI), Agus Brotosusilo, pada masa kolonialisasi Belanda, berlaku ketentuan Territoriale Zee en Maritieme Kringen Ordonantie (TZMKO) 1939, yang dijiwai prinsip Mare Liberum (Freedom of The Sea) seorang genius hukum dan juga bapak hukum internasional asal Belanda, Hugo Grotius (1604).
Pada 13 Desember 1957, pemerintah mendeklarasikan Wawasan Nusantara, dikenal dengan Deklarasi Djuanda. Deklarasi ini menetapkan kawasan perairan di bagian dalam kepulauan Indonesia otomatis menjadi bagian dari wilayah kedaulatan Indonesia. Sementara itu, ketentuan pengukuran 3 mil dari garis pantai setiap pulau diubah menjadi 12 mil.
Lebih lanjut pada April 1982 konsep Wawasan Nusantara diterima menjadi bagian konvensi hukum laut internasional hasil Konferensi PBB tentang hukum laut yang ketiga (UNCLOS).
Selain pengukuran 12 mil tadi, juga ditetapkan tentang kawasan ZEE yang cakupannya mencapai 200 mil dari garis pantai setiap pulau.
Untuk kawasan ZEE, kewenangan hanya sebatas mengelola dan memelihara kekayaan alam saja, sementara di wilayah 12 mil tadi Indonesia punya kedaulatan penuh di daratan, perairan wilayah, dan bahkan terhadap tanah di bawah permukaan air dan ruang udara yang ada di atasnya (sovereign rights).
Memahami sejarah sekaligus aturan yang berlaku terkait penentuan teritorial perairan seperti itu adalah keharusan. Agus mencontohkan, Malaysia sebetulnya mengakui dan menjadi anggota UNCLOS. Namun, sejak kemenangan klaim mereka atas Pulau Sipadan dan Ligitan, beberapa tahun lalu, Malaysia semakin percaya diri dan berkeras tetap berpatokan pada peta wilayah yang dibuatnya sendiri tahun 1979 (klaim unilateral).
”Peta itu memasukkan sejumlah wilayah perairan kita, sesuai UNCLOS, ke dalam wilayah mereka. Maka itu, terjadi sejumlah sengketa akibat klaim sepihak tadi, seperti sebelumnya di perairan Ambalat dan kemarin di sekitar Pulau Bintan,” kata Agus.