Sistem zonasi memiliki banyak pro dan kontra dari awal muncul hingga sekarang. Dari banyak sisi, sistem zonasi ini kurang cocok diterapkan, karena dari segi distribusi atau penyebaran gedung sekolah yang tidak merata, mulai dari fasilitas, guru, hingga ekonomi (salah satunya karena dampak COVID-19), dan banyak faktor lainnya. Sistem zonasi ini juga memiliki tingkat penerimaan siswa yang lebih tinggi daripada sistem nilai atau sistem lain yang diterapkan. Sistem zonasi dipandang berpotensi membatasi kesempatan bagi para siswa tersebut yang memiliki kapasitas akademik tinggi untuk menghadiri sekolah umum yang diinginkan karena jarak atau zonasi. Â